治療腸胃炎應禁食,糾正水電解質紊亂,通常患者只需臥床休息,并飲用足夠的水和口服補液鹽溶液即可,即使是嘔吐的患者也要盡量多飲水,哺乳期的嬰兒應繼續哺乳。如果嘔吐和腹瀉持續時間較長,會有嚴重的脫水,有必要進行靜脈補液,嘔吐劇烈時可加用止吐藥,如果腹瀉時間持續超過24到48小時,并沒有跡象表明有更嚴重的細菌感染,可加用止瀉藥。
通常兒童不建議使用止吐藥和止瀉藥,由于抗生素會引起腹瀉,促進耐藥菌的生長,即使胃腸炎的致病菌已經明確,抗生素通常也不建議使用。但是某些病原菌如彎曲桿菌、志賀菌、霍亂弧菌等感染,或者患者有旅行者腹瀉,可以使用抗生素,對于病毒感染所致的胃腸炎,抗生素并無效果,寄生蟲感染所致的胃腸炎需要使用抗寄生蟲藥物。